Thuế giá trị gia tăng đối với hàng xuất khẩu sau đó tái nhập

Trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan, Chi cục Hải quan khu vực VII phát sinh vướng mắc. Cụ thể, ngày 27/8/2025, Công ty TNHH chè Á Châu (gọi tắt là DN) đăng ký tờ khai tái nhập hàng đã XK tại tờ ngày 15/8/2025. Số tiền thuế NK phải nộp theo khai báo đối với tờ khai trên là 342 triệu đồng và số tiền thuế GTGT là 95,76 triệu đồng.

DN cũng đã nộp số tiền thuế GTGT 95,76 triệu đồng theo tờ khai trên vào ngân sách nhà nước.

Theo hồ sơ đề nghị không thu thuế NK của DN, Hải quan cửa khẩu quốc tế Lao Cai đã thực hiện không thu thuế NK đối với hàng hoá thuộc tờ khai được thông quan ngày 29/8/2025, số tiền 342 triệu đồng.

Mặc dù vậy, tại khoản 2 Điều 5 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP chưa quy định trường hợp hàng hóa NK thuộc đối tượng không thu thuế NK thì giá tính thuế GTGT được xác định là trị giá tính thuế NK như trường hợp hàng hóa NK được miễn thuế.

Hoạt động nghiệp vụ tại Hải quan cửa khẩu quốc tế Lào Cai. Ảnh: N.L

Chi cục Hải quan khu vực VII cũng gặp vướng đối với hàng hóa NK, thời điểm xác định thuế GTGT là thời điểm xác định thuế NK theo quy định của pháp luật về thuế XNK.

Trong đó, khi người khai hải quan kê khai tờ khai tái nhập hàng hóa đã XK, phải kê khai thuế suất thuế XNK (nếu có) và được cơ quan Hải quan kiểm tra, ra quyết định không thu thuế đối với hàng hóa XK, phải tái nhập theo quy định tại Điều 37a Nghị định số 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi bổ sung tại Nghị định số 18/2021/NĐ-CP.

Như vậy, thời điểm xác định thuế GTGT đối với trường hợp tờ khai tái nhập hàng hóa đã XK là thời điểm cơ quan Hải quan ban hành quyết định không thu thuế NK theo quy định của pháp luật về thuế XNK. Trường hợp này, người khai hải quan không phải nộp tiền thuế NK theo quyết định không thu của cơ quan Hải quan. Cũng tại Điều 60 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 đã quy định rõ về xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa.

Chi cục Hải quan khu vực VII đề xuất, Cục Hải quan báo cáo Bộ Tài chính trình Chính phủ sửa đổi, bổ sung quy định về trường hợp giá tính thuế GTGT đối với hàng NK không thu thuế NK.

Trường hợp người khai hải quan đã kê khai thuế NK khi khai tờ khai hải quan NK hàng XK phải tái nhập và xác định giá tính thuế GTGT theo trị giá tính thuế NK cộng với thuế NK khi chưa được cơ quan Hải quan ra quyết định không thu, sau khi cơ quan hHi quan ra quyết định không thu thuế NK, người khai hải quan thực hiện khai bổ sung số tiền thuế GTGT phải nộp theo nguyên tắc giá tính thuế GTGT hàng NK – (trị giá hàng NK + thuế NK phải nộp).

Trường hợp người khai hải quan đã nộp thuế GTGT trước thời điểm cơ quan Hải quan ra quyết định không thu thuế NK và số tiền thuế GTGT đã nộp được xác định là lớn hơn số tiền thuế GTGT phải nộp, người khai hải quan thực hiện khai bổ sung theo nghiệp vụ AMA để xác định chính xác số tiền thuế GTGT phải nộp và cơ quan Hải quan xử lý số tiền thuế GTGT nộp thừa theo quy định (nếu có).

Về vấn đề này, theo Cục Hải quan, Điều 3 Luật thuế GTGT số 48/2024/QH15 có hiệu lực từ ngày 1/7/2025 quy định: “Hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh và tiêu dùng ở Việt Nam là đối tượng chịu thuế GTGT, trừ các đối tượng quy định tại Điều 5 của Luật này”.

Cũng tại các Điều 5, 14, 15 Luật thuế GTGT số 48/2024/QH15 và Điều 4 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP quy định đối tượng không chịu thuế GTGT, khẩu trừ, hoàn thuế GTGT.

Trường hợp hàng XK sau đó NK trở lại Việt Nam thuộc đối tượng chịu thuế GTGT. Hàng hóa đã nộp thuế GTGT đầu vào ở khâu NK được khấu trừ, hoàn thuế khi bán ra nếu đáp ứng quy định tại Điều 14, Điều 15 Luật thuế GTGT số 48/2024/QH15, Cục Hải quan cho biết.

Cục Hải quan đề nghị Chi cục Hải quan khu vực VII hướng dẫn DN liên hệ với cơ quan Thuế nơi đăng ký kê khai, nộp thuế để được hướng dẫn thực hiện theo đúng quy định.